OS Hrvatska:
Ministarstvo regionalnog razvoja i fondova Europske unije Republike Hrvatske
i Agencija za regionalni razvoj Republike Hrvatske

OS Srbija:
Kancelarija za evropske integracije Republike Srbije

ZAJEDNIČKI NADZORNI ODBOR (ZNO)
Zajednički nadzorni odbor je glavno programsko telo koje donosi odluke. Sastoji se od predstavnika obe Operativne strukture i nacionalnh, regionalnih i lokalnih tela kao i predstavnika socio-ekonomskih partnerstava obeju zemalja učesnica. Predstavnici Delegacija Evropske komisije sudeluju u radu ZNO-a u savetodavnom svojstvu. ZNO proverava učinak i kvalitet sprovođenja programa i donosi konačnu odluku o odabiru projekata za finansiranje.

ZAJEDNIČKI TEHNIČKI SEKRETARIJAT (ZTS)
Zajednički tehnički sekretarijat pruža tehničku podršku Operativnim strukturama i ZNO-u pri koordinaciji i sprovođenju programa. Uz pomoć Operativnih struktura, ZTS obavlja niz zadataka vezanih za upravljanje programom, a naročito u delu informisanja i odnosa s javnošću. ZTS je smešten u Zagrebu (Hrvatska) sa lokalnom kancelarijom u Sremskoj Mitrovici (Srbija) a osoblje ZTS-a je sastavljeno od predstavnika Hrvatske i Srbije koji su imenovani od strane dve Operativne strukture.

UGOVORNA TELA (UT)
UT potpisuje ugovore za dodelu bespovratnih sredstava s krajnjim korisnicima i vrši isplatu sredstava za uspešne projekte. Odgovornst UT-a je isto tako praćenje sprovođenja projekta s finansijskog stajališta.

UT za Hrvatsku:
Agencija za regionalni razvoj Republike Hrvatske

UT za Srbiju:
Delegacija Evropske Unije u Republici Srbiji